Država je 10. srpnja 1947. oduzela franjevcima dopuštenje za držanje ljekarne. Prema toj odluci, učinjen je primopredajni inventar i nova ljekarna, koju su franjevci uredili još 1901. uz pomoć Ignacija Amerlinga, predana je na upravljanje Gradskom narodnom odboru u Dubrovniku.
Fra Stipe Nosić podsjeća kako je ljekarnu od tada vodila „Narodna apoteka br. 4 Dubrovnik“. Ljekarnički namještaj i rekviziti, koji su od 1938. bili izloženi u prostoriji pored nove ljekarne u prizemlju samostana kao muzejska postava, a koji državu nije zanimao, trebalo je opet negdje skloniti. Stari inventar vraćen je u Mali klaustar, u prostoriju u kojoj je ljekarna prije toga djelovala kroz razdoblje od 220 godina, te je tu opet postavljen kao muzej. Bilo je to mjesto koje nije moglo ponuditi pristup većem broju posjetitelja.
Mnogi ljudi, koji su znali da je muzej od 1938. do 1947. djelovao u prizemlju, zanimali su se za sudbinu starog namještaja i željeli su ga vidjeti. Do njega su ipak, zbog njegova smještaja visoko u unutrašnjosti samostana, mogli samo uvaženiji i uporniji gosti. Bilo je zato samo pitanje vremena kad će se naći primjereniji i dostupniji prostor za staru ljekarnu, u kojem će namjernici moći doživjeti duh ljekarničke prošlosti.
To se dogodilo 1955. kada je muzejski postav iz Malog klaustra vraćen na današnje mjesto, na mjesto na kojem je ljekarna radila od ustanovljenja 1317. do 1681. godine.