Suradnja Domorodnog muzeja s uglednim Dubrovčanima, drugim ustanovama i pojedincima započinje samim činom osnutka 1872., kada Antun Drobac pokreće akciju prikupljanja prirodnina, kulturno-povijesnih i etnografskih predmeta za potrebe kabineta Trgovačko-obrtničke komore. Prve suradnje ostvarene su već 1931. otvorenjem izložbe u čast dobrotvora Miha Mihanovića. U toj su prigodi svoje predmete izložile članice Narodne ženske zadruge, "Duba", te učiteljica Jelka Miš. Ona je 1932. godine Muzeju darovala vlastitu etnografsku zbirku s više od tisuću predmeta. Sljedeća važna suradnja između Muzeja, Narodne ženske zadruge i Cavtatske vezilačke udruge upriličena je u povodu Svjetskog kongresa PEN-a 1933. godine otvorenjem "Izložbe narodne umjetnosti Jugoslavije".
Na "Izložbi narodne umjetnosti Jugoslavije", koja je u organizaciji Komisije za kulturne veze FNRJ otvorena u Londonu 1949., naš muzej sudjelovao je sa 58 predmeta iz svojega fundusa. U sljedećim trima godinama ta izložba gostovala je u deset europskih gradova, a po njezinom završetku Etnografskom odjelu darovano je 805 predmeta izrazitih estetskih vrijednosti iz različitih muzeja ondašnje države, u cilju što boljeg predstavljanja narodne umjetnosti inozemnim posjetiteljima.
Zahvaljujući svojemu bogatom fundusu, Muzej sudjeluje u realizaciji važnih izložaba u inozemstvu: primjerice, Kulturno-povijesni muzej surađuje na izložbi "Abitare la periferia dell’Impero nell’ 800" u Trstu (1990.), a izložbom "Ruđer Bošković: iz Dubrovnika Svijetu" gostovao je u sjedištu UNESCO-a u Parizu (2011.) i Rueil-Malmaisonu (2012.). Suradnja s privatnim kolekcionarima ostvarena je u izložbama "Zbirka stakla Bijelić" (1997.), "Moje staklo, moja strast" (2014.) i "Anđeli iz privatne zbirke u Dubrovniku" (2015.).
Pomorski muzej ostvario je uspješnu međunarodnu suradnju sudjelujući na nekoliko važnih izložbenih projekata: na svjetskoj izložbi "Expo ‘92“ u Genovi u povodu 500. obljetnice Kolumbova otkrića Amerike u hrvatskom paviljonu, na izložbi o hrvatskom pomorstvu koju je organiziralo Ministarstvo kulture RH u suradnji s hrvatskim muzejima pod nazivom "Hrvatska – Duša Mediterana/Croacìa Alma Mediterránea" u Barceloni 2007. i u Zaragozi tijekom EXPO-a 2008., na izložbi "Aventuriers des mers – de Sindbad à Marco Polo" u Parizu (2016./2017.) i Marseillesu (2017.), na izložbi podvodne baštine Jadrana "Into the Sea of Intimacy. Underwater archaeology tells of the Adriatic" u Trstu (2017.), na izložbi "Il Montefeltro e l’Oriente Islamico" u Nacionalnoj galeriji Marche u Urbinu (2018.), te na izložbi "Sehnsucht Ferne – Aufbruch in neue Welten", postavljenoj u austrijskom izložbenom centru u dvorcu Schallaburg (2021.).
Etnografski muzej surađivao je s pojedincima, udrugama i folklornim društvima koja čuvaju tradicijsku kulturu na izložbama "Božić u Gradu i dubrovačkom kraju" (2006.) i "Škrinja baštine" (2007.), s Hrvatskom maticom iseljenika na međunarodnoj izložbi "Tradicijska nošnja dubrovačkog kraja" u Padovi (2008.). Uspostavio je suradnju i s Etnolaboratorijom iz Rima (2015.) na projektu "Sv. Vlaho u Italiji", čiji je rezultat cjelogodišnja izložba u Dubrovniku i talijanskim gradovima. Ostvarena je, također, međunarodna suradnja s Institutom i muzejom u Bitoli (2016.). Etnografski muzej surađivao je s Muzejom del grano u Cerignoli na istraživanju arhitekture žitnih rupa i sustava pohrane žita (2018.).
Suradnja s Konzervatorskim odjelom u Dubrovniku ostvaruje se popisivanjem i vrjednovanjem umjetnina u privatnim i crkvenim zbirkama Župnog muzeja Lopud (1997.), Svetog Vlaha u Dubrovniku i Gospe Delorite u Kuni (2000.), te u Zbirci Fisković u Orebiću (2007.). Posebno uspješnu suradnju s Hrvatskim restauratorskim zavodom Arheološki muzej ostvario je tijekom pripreme izložbe "Iznik – osmanska keramika iz dubine Jadrana", te s Institutom za antropologiju, Arheološkim muzejom u Splitu i Royal Ontario Museumom iz Toronta na projektu Spila u Nakovani (od 1999. nadalje). U sklopu projekta Crvena Hrvatska Arheološki muzej gostuje u Beču s izložbom "Konavle, srednjovjekovna groblja" (2005.), a s Arheološkim muzejom iz Udina sudjeluje u postavu izložbe i izradbi kataloga "The Adriatic, a sea without borders: communication routes of populations in 6000 BC" (2014.–2015.). Od 2020. godine do danas važna je suradnja Arheološkog muzeja s Centrom za prapovijesnu arheologiju, Odsjekom za arheologiju Filozofskog fakulteta u Zagrebu te s Institutom za arheologiju u istraživanjima prapovijesnih nekropola u Zakotorcu i Nakovani.
U brojnim publikacijama, multimediji, edukativno-kreativnim radionicama utemeljenima na kulturno-povijesnoj baštini i tradicijskoj kulturi, predavanjima u suradnji sa školama, fakultetima, znanstveno-istraživačkim ustanovama, Dubrovački muzeji sustavno rade na razvoju suradnje s publikom. Posebno je važna manifestacija Noć muzeja, u kojoj sudjeluju od samih početaka 2007. godine.
viša kustosica Dubrovačkih muzeja Branka Hajdić
